> 検索上位にくるよりもPRオプションなしに本体価格落とすことで売れ行き上がるのにはなぜだか知りたいです。

こちらに関しましては、お客様が商品を選ぶ際に価格を他店舗の同一商品と比較した際に
みっちーさんの商品の方が安く、メリットを感じ購入までに至った。という点が第一に考えられると思います。

PRオプションを利用して、検索結果を上位に上げたからといって必ずも購入していただけるかどうかは
別な問題になりますので、転換率をあげる為にはライバル店舗と比較をしていただき、
「適切な価格設定」「商品ページの改善」などに注力していただければと思います。

> ちなみに本体価格下げることでPRオプションつけるときより検索順位下がってます。

そうですね。
PRオプションを利用しない場合の検索順位に関しましては、
お客様が入力した検索キーワードに関連した商品を、
Yahoo!独自の基準でスコア化されそのスコアの高い順に表示されていまして、
検索キーワードとの関連性や、販売実績、分かりやすい適切な
商品説明や商品画像を意識して対策いただく事が
重要になってまいります。

Yahoo!ショッピングにおいては検索結果において
ある程度情報は公開されていますのでルールに沿った検索対策を
しっかり行なうために以下のご案内をご確認ください。

Yahoo!ショッピング検索結果とカテゴリリストの表示順位
https://store-info.yahoo.co.jp/s/shopping/knowhow/uu/search/search-5.html

楽天と同様に、検索対策となる項目についても
以下ご確認くださいませ。

どこに何を入力すると検索対策になるのか？
https://store-info.yahoo.co.jp/s/shopping/knowhow/uu/search/advice-uu-2.html

> キーワード検索とカテゴリー検索以外に流入は他に何かありますでしょうか？

みっちーさんのショップの流入経路は以下の手順から確認できますのでお試し下さいませ。

ストアクリエイターproトップ → 統計 → 参照元別

上記の手順で確認していただきますと、
ページ下に流入経路の表がございますので
そちらをご確認いただければと思います。

また、データ内の用語に関しましては
以下のURLより解説しておりますのでご確認下さいませ。

統計用語集
3．参照元別レポート
https://store-info.yahoo.co.jp/s/shopping/toolmanual/report/a/1812.html#3