ECマスターズの中野です。

> 商品を個別にPRオプション料率のみの設定はしないほうが良いでしょうか。
> しかし、全体的な料率を設定すると、個別商品で料率を低い数値にしても、結局全体の高いほうの料率が適用されます。
> どういうふうに設定すれば、良いでしょうか。

設定 > PRオプション料率設定 > PRオプション料率/特典設定
についてでお間違いないでしょうか。

各ストアさんの設定状況によりますが、
商品別料率と一律料率両方を設定されている状態で、

PRオプション特典を「利用する」場合は、
料率が高い方が適用され、

PRオプション特典を「利用しない」場合は、
常に商品別料率が優先されますので、

運用方法の一つとして、
全商品一律のPRオプションの料率を設定し、
その上で、売れている商品や特に露出させたい
商品などは個別にPRオプションの料率を調整
される事をオススメいたします。

ストア全体に料率を設定する
https://store-info.yahoo.co.jp/s/shopping/toolmanual/proption/a/1602.html


> また、他店が料率をいくら設定しているかを知る方法はありますでしょうか。

以下のようにECマスターズ拡張機能で
PRオプションをかけているかどうかは
確認いただけますが、
https://ec-masters.gyazo.com/93df597afd55752c0913b00a903b37db

残念ながら料率を確認する事は
できかねてしまいます。
仕様上ご了承くださいませ。