ECマスターズの稗田です。

> 例えば６色セットのセット商品を２種類作るとして、
> でも商品を1個ずつ登録しておかなくてはならない。

そうですね。セット品を販売する際には単品で商品登録が必要となりますので
１商品づつ登録をよろしくお願いします。

> ということは、１個ずつ登録したものの在庫をゼロにする、という事ですか？

単品で商品を販売したくないと言うことでございましたら
在庫をゼロにする必要がございます。

> タオルについてもです。
> タオルも商品登録するけれど、売りたいのはギフトセットなので、タオルは在庫ゼロにしますか？

はい。タオルの販売を単品で行わないのでございましたら
単品出品のタオルの在庫はゼロにしていただければ幸いです。

> ギフトセットの件、購入してある小さなタオルの値段はいくらだったか忘れてしまいましたが、
> 安かったという事にして無料でつける事はできないのでしょうか。
> また、そのセットをセール価格にした時には条件が変わってしまうと思うのですが。

先述させていただきましたが、おまけ販売の場合は景品表示法を遵守する必要がございますので
以下の条件をみたいしている必要がございます。

・取引価格が1000円以下の場合、景品価格を200円以内に収めること。
・取引価格が1000円を超える場合、景品価格は取引価格の20%以内に収めること

> 昨日の基礎講座の楽天市場のギフトのお米屋さんのように
> （ギフトではありませんが）こちらからセットをたくさん用意するしかないでしょうか。

そうですね。お調べしましたが
楽天とは違いAmazonでは商品を柔軟に出品することが難しい仕様ですので
セットをたくさん用意していただく他に回避方法がございませんでした。

> それだと、消耗品なので買い足す時にお客様が、
> 必要ないものまで購入することになってしまいますが、
> それがamazonの特徴という事で仕方ないでしょうか。

Amazon内の需要として
まとめ品で出品されているものが多いのが現状とはなりますが
少しでもお客様のニーズに合わせたいと言うお気持ちも含めてのご提案とはなりますが、

少しでも粗利が取れお客様とツクツクさんの双方がプラスになる販売方法として、
単品でよく売れる商品の２本セットなどを組み合わせていただき、
最低２本からの販売スタイルで２色セット販売を行うのはいかがでしょうか。

また、同じ消耗品としてゴム手袋やマスクなどのセット販売などで
組み合わせることもご検討いただければ幸いです。