ECマスターズの中野です。

ご返信ありがとうございます。

事務局で断定できかねてしまう内容ですので、
この場でお伝えできず大変恐縮ですが、
いただいた内容と先述いたしました
ガイドライン内容を参照して推測させていただくと、

> 中身は全く別のお水になります。
> 成分・採水地・味、すべてが変わります。

全て変わるとのことですので、
マイナーチェンジではなく別商品となり、
一般的には必然的にパッケージや商品名も変更になり、
別商品として案内されるケースが多いかと存じます。

> ネット販売するように指示されたとき、今までのリピーターのお客様にとっては紛らわしいのではないかと不安です。
> 一般的にはどのように対応するものなのでしょうか。

そうですね。具体的な商品が分かりかねますが、
成分や味を気に入って購入されているお客様
も多数いらっしゃるかと思いますので、

これまでの商品ページへ訪れたお客様が
混乱しないように、ページ上にバナーなど
を利用して新商品のページへ誘導された方が
誤解なくご購入いただけるのではないでしょうか。

今回いただいたご質問につきまして、
ガイドライン内に記載の通り、
マイナーチェンジの線引が商材によって異なり
ガイドラインの一定基準が定められていないため、

事務局にて明確にお伝えできない状況で
大変申し訳ございませんが、最終的なご判断は
店舗にてお決めいただく必要がございます。

いただいたご状況を踏まえて上記回答させて
いただきましたが、こちらの内容を踏まえて
ご判断いただけますと幸いです。