ECマスターズの稗田です。

> バラエティクーポンを申し込んで、お買い物マラソン期間中に自社で発行するクーポンは
> どのような場合に併用されてしまうのでしょうか？

自社で発行するクーポンと併用される場合、
クーポン設定画面にて、「クーポン併用可否」を”併用可”に設定したもののみ
商品ページ上に選択できるクーポンとして表示されます。

> 弊社の場合、自社で発行しているクーポンは全て併用不可にしているので
> その場合はバラエティクーポンとの併用はされないという認識であっていますでしょうか？
> それとも何か条件があって、自社発行クーポンは全商品対象などにしないと併用されてしまうのでしょうか？

自社発行のクーポンが併用不可であれば、バラエティクーポンとの併用はされませんので
tmaxさんのご認識通りでございます。