お待たせしました。

> 先週からヤマトフルフィルメント（マルチチャネル）とネクストエンジンの連携（API）を始めました、商品も無事に発送もされている様です

> ところでヤマトフルフィルメントのマルチチャネルの当日出荷の締切は12時の出荷指示分となります

ヤマトフルフィルメントの当日出荷締め切り期日について確認したところ、

手動アップロードは12時までですが、API連携の場合は15時が締め切りとなっておりました。
https://faq-biz.kuronekoyamato.co.jp/app/answers/detail/a_id/3645/

> ネクストエンジンの新規受付けから印刷済みに移動まではタイムラグがあるので、
> 12時直前に入った注文は印刷済みまで行かない可能性があります。（自分の感覚だと新規受付けから1時間はかかる気がします）

> 印刷済みに移動しても、出荷指示が瞬間にヤマトに飛ぶのかも不明なので

こちらネクストエンジンに確認したところ
ネクストエンジン→ヤマトフルフィルメントの連携は、１０分間隔となっております。
「印刷待ち」にある受注で受注分類タグ[ヤマトFF対象]がついていれば
自動で出荷指示がかかるとのことでした。

> そうなると際どい時間に入った注文は自社から出して、
> フルフィルメントから出さない様にタグ付け処理をしないといけません、かえって手間です

> 12時直前に確認してCSVファイル送信がベストかもしれませんが、
> APIの意味が無いので出来れば他に解決方法があればなと思い書き込ませて頂きました。

そうですね。
直前の受注はステータス移動が間に合わない可能性もございますので
自社発送に切り替えるのが宜しいかと思われます。