> お客様からキャンセル料を取ってキャンセルしたとき
> そこには数百円のキャンセル料の売り上げがたちます
> （売上名目は分かりません）
> これは売り上げとしてカウントされますか。

Yahoo!ショッピングと楽天市場の両モールに確認したところ

両モールとも注文内容修正にてキャンセル料のみの金額に修正を行い、
お客様にご請求をおこなったという事であれば、売上とみなされる。

ということでございました。

売上として計上されますので、検索順位にも影響はございます。