ECマスターズの菅原です。

> LINEからYahoo！ショッピングのストアトップページのURLを入れても、
> アプリで開かずスマホのブラウザで開いてしまいます。
> どのようなURLに変更したらアプリで開くのでしょうか？
> （アプリを入れているスマホですが、スマホの設定の問題でしょうか？）

> また、楽天も同様にアプリのショップTOPページに移行させるURLを教えてください。

楽天の場合は下記のURLにて、アプリを開くことができます。

https://event.rakuten.co.jp/app/itemwhitepage/?item_code=【ショップURL】:【itemId】

例えば、以下の場合は
https://event.rakuten.co.jp/app/itemwhitepage/?item_code=rakuten24:10907799

10907799が、itemidとなりますが、
商品ページのソースを表示し、「itemid」で検索したときの、
以下の部分がitemidとなります。
https://ec-masters.gyazo.com/6ea9b41ed250837967bee7f08c264e65

しかし、アプリをお持ちで無い方の場合は、
アプリのダウンロードが必要になりますので、
通常のURLもあわせてご案内いただくことをおすすめいたします。