> 検索キーワードの項目で、キーワードとキーワードの間は、半角スペース、全角スペースどちらでも良いのでしょうか。

半角スペース区切となります。

> また、サジェスト君でキーワードを探すとたくさん出てきますが、
> アマゾンの検索キーワードにたくさんワードをいれて、ペナルティーなどうけないのでしょうか？

検索キーワード欄は以下のルールが設定されており
500バイト(250文字)と制限されております。

効果的に検索キーワードを使用する
https://sellercentral.amazon.co.jp/gp/help/external/G23501?language=ja_JP
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検索キーワードを最適化するヒント：
・キーワードの長さを制限内にします。
・同義語を含めます。
・綴りのバリエーションを含めます。誤字を含める必要はありません。
・略語、別名を含めます。
・すべてを小文字にすることができます。
・「;」、「:」、「-」などの記号は必要ありません。
・キーワードをスペースで区切ります。
・検索キーワードのフィールドに、同じ語句を繰り返し入力しないようにします。
・「a」、「an」、「and」、「by」、「for」、「of」、「the」、「with」
　などのストップワードを入力する必要はありません。
・単数形または複数形を使用します。両方入力する必要はありません。

禁止されている検索キーワードの使用：
これらのルールに違反すると、ASINが検索対象外になり、
出品者のアカウントに対して措置が講じられる場合があります。
・検索キーワードにブランド名を含めないようにします。
・検索キーワードにASINを含めないようにします。
・冒涜的表現を追加しないでください。
・「新しい」や「セール中」など、一時的な表現を使用しないようにします。
・「推奨」、「最低価格」、「素晴らしい」など、主観的な表現を使用しないでください。
・暴力的または攻撃的なキーワードを追加しないでください。

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また、既に商品名などに記載されている語句に関しましては
検索キーワードに記載する必要はございませんので

商品名などに記載しなかったキーワードなどを検索キーワード欄に
入れていただく。という様なイメージ活用していただければ幸いです。