> 今回清水さんのセミナーを見て客単アップの為に２商品(ワンピースとTシャツセット)を
> １品番で1商品ページにてセット販売しようと考えています。

> その際、各商品別にカラーを選択できるように設定したいのですが項目選択肢別在庫または組み合わせ一覧どちらの設定がよいですか？

1品番で１商品ページで作成する場合は
組み合わせ一覧では再現できませんので、項目選択肢別在庫の機能をご利用ください。

また、在庫管理が不要。ということであれば項目選択肢の機能でも
セット販売は可能でございます。

[商品ページ設定 商品個別編集] 項目選択肢を編集する
https://navi-manual.faq.rakuten.net/item/000039444

[商品ページ設定 商品個別編集] 項目選択肢別在庫を編集する
https://navi-manual.faq.rakuten.net/item/000033021

補足として大きな違いは
商品ページを１つにまとめるか否かという点になります。

項目選択肢別在庫でセット販売商品を作る場合、

・商品A
・商品B

上記２つの商品を１つの商品ページとして新しく作成することとなりますが

組み合わせ販売の場合、
親商品、子商品という概念を持たせて、既存である別々の商品ページを利用して
組み合わせ販売を行います。

[組み合わせ販売] 組み合わせ販売の概要
https://navi-manual.faq.rakuten.net/item/000009663

> 設定方法と参考にそうして販売されているお店さんもあれば教えてほしいです。

組み合わせ販売を利用してセット販売を行なっているショップは
以下を参考にしていただければ幸いです。

https://item.rakuten.co.jp/ganbareokusan/okmr-700/

組み合わせ一覧で設定した場合
下記のキャプチャ部分にのみ表示されます。
https://ec-masters.gyazo.com/e40381bd033c071e78430e032311f05e

※組み合わせは１つだけでなく複数設定可能です。

項目選択肢別在庫でセット販売を行なっている
ショップは以下をご参考くださいませ。

https://item.rakuten.co.jp/hokkaido-gourmation/classic_chinnmi-set-b/

項目選択肢でセット販売を行なっている
ショップは以下をご参考くださいませ。

https://item.rakuten.co.jp/wine-sakesen/et-037-aa/