> makeshopにて下記のような販売・設定は可能でしょうか？

> 商品購入の際商品ページ内で
> にお客様に下記2つから選択してもらえる

> 宅配便（ヤマト運輸）　―　通常価格
> 路線便（西濃運輸）　　―　通常価格から自動的に5%程度値引き

こちらですが、マニュアルもお調べさせていただきましたが
make shopの仕様上、実現することが難しく
商品に対する割引に関しましてはクーポンなどでの割引であれば可能ですが
特定の配送方法を設定した際の割引は出来かねます。
ご了承いただければ幸いです。

> ※もし可能であれば楽天・Yahoo!でも実現できればと考えています。

楽天・Yahoo!に関しましても同様に、
商品に対する割引となってしまいますので
仕様上、設定できないことご了承くださいませ。