> 最初にselect.csvをdでアップして
> 書き直したものをnでアップしたら良いと言う認識だったのですがうまくできません。

こちら確認させていただいたところ

３つに分けて作業が必要でございました。

編集するcsvデータはiten.csv select.csvの２つとなりますので
ご注意くださいませ。

＊以下の作業を行う前に必ずデータのバックアップをよろしくお願いします。＊

①在庫タイプを通常在庫に戻す作業を行います。
【編集csv：item.csv】

対象の商品データのみにする
↓
コントロールカラムは「U」にする
在庫タイプ：「１」に修正する
在庫数：０に修正

上記の項目を修正いただきましたら
アップロードをお願いします。

アップロードが完了しましたら
以下の作業を引き続きよろしくお願いします。

②項目選択肢別在庫に再設定を行う
【編集csv:item.csv】

対象商品のデータのみにする
↓
コントロールカラムを「U」にする
在庫タイプ：「２」に修正する

・項目選択肢別在庫用横軸項目名
・項目選択肢別在庫用縦軸項目名
・項目選択肢別在庫用残り表示閾値

を修正する

③縦横軸の項目を変更する
【編集csv：select.csv】

修正したい箇所を修正いただき
コントロールカラムを「n」にして
アップロードくださいませ。

３段階に分けて操作が必要になりますので
重ねてにはなりますが、バックアップを
PC内に保存した上でご操作をよろしくお願いします。