> システム利用料のもとになる月間販売金額には
> 別途の送料も含まれるという見解でよろしいのでしょうか？

はい。見解通りとなります。

内訳につきましては店舗運営Naviに詳細がございましたので、
念のため共有させていただきます。

[規約・ガイドライン] 料金体系のご説明
https://navi-manual.faq.rakuten.net/rule/000031730
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■ 通常商品およびRMS全商品モバイル対応サービスにかかるシステム利用料　共通
※基準売上高（月間販売額）＝販売価格（消費税を含む）＋送料
「ショップクーポン(店舗様原資のクーポン)」を利用した場合、クーポン値引き後の金額
「サービスクーポン(楽天原資のクーポン)」を利用した場合、クーポン値引き前の金額

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> また、全ての商品を送料込みの金額した場合、
> 商品1個の単品購入がしやすくなりそうですが、
> 複数の商品を購入する場合には購入金額自体が高くなってしまうので、
> どのような価格設定をするか悩んでおります。

そうですね。
よくある事例として、クーポンなどで
「〇〇個購入で〇〇円OFF」というクーポンを
作成していただき、送料込み商品でも購入金額を安くするという方法がございます。

https://item.rakuten.co.jp/kurashikenkou/288366/

送料込みの商品を複数購入した場合、
sockeyesさんと同じく購入金額自体が高くなる懸念をされる方は
多くいらっしゃいますので、このような対応をされている店舗様が
多くお見受けします。

RMSの配布型クーポンにて
利用金額・購入個数条件 を設定できますので
こちらから、複数購入時に利用できるクーポンなどを
設定することをご検討くださいませ。

RMSトップ > 店舗設定 > 6.クーポン設定 > クーポン（配布型）
https://coupon.rms.rakuten.co.jp/rms/mall/coupon/SC00_000_101

[RaCoupon（ラ・クーポン)] RaCouponの概要
https://navi-manual.faq.rakuten.net/promotion/000009754

また、まとめて購入される方が多くいらっしゃるのであれば
まとめセットのページなども作成することで、
価格を調整することもできますので、こちらも併せてご検討くださいませ。

同一商品の販売ページやギフトセットやおつまみセットなどを称して
まとめ販売をされている方もいらっしゃいますので
ご参考くださいませ。

参考店舗
https://item.rakuten.co.jp/enoteca/dmy0426t17c1/
https://item.rakuten.co.jp/buono-buono/10004100-11syu/
https://item.rakuten.co.jp/otsumami-gallery/10000170/