> その場合、やはりヤフーの「優良配送」は
> ペナルティの対象となり外されてしまうものでしょうか？

こちらYahoo!ショッピングに確認したところ
自然災害等の災害であればペナルティ対象外となりますが
現状、コロナの影響による配送遅延などは対象内となっておりました。

対策としましては、コロナが確認され通常業務が難しくなってしまった場合
一旦お店を一時休店などにして頂き、今ある注文分だけでも配送を行う。
など、配送期間を一時的に余裕を持った日程にしていただくなどで
ご対応いただく必要がございます。

> また、感染して休業となった場合、入っている注文すべてをキャンセルしてしまっていいものでしょうか？
> 今後の検索順位に大きく影響しないでしょうか？

キャンセルしてしまった場合は店舗都合となり、ペナルティの対象内となってしまいますので
一時休店など、現状の注文分はご対応いただく必要がございます。