> 税務署の指示で一括ダウンロードできるようにしておく、について
> たとえば必要なデータ（CSVやPDF）を、外付けHDDに保存しておいて
> それを丸ごと渡す、でもいいのでしょうか？

こちらお調べさせて頂きましたので、追記させて頂きます。

こちらは、保存媒体を丸ごと渡すというルールではなく
ここでの"一括ダウンロードできるように"という意味は
ファイル名を「20221031_(株)国税商事_110000.pdf」のように
統一化して検索しやすくする必要がございます。
ですので、保存媒体そのものを渡すのではなく
（データが破損するリスクがあるので）
調査官が指定する範囲のファイルを指定された媒体にコピーするなどの対応になります。

詳しくは以下の記事に記載がございましたので
お手隙の際にご覧くださいませ。

「改正電子帳簿保存法 電子取引」への“超”実践的な対応方法
https://invox.jp/storage/dencho
＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝
検索機能の確保”の 3つ の対応方法
1.検索要件に対応したシステムを利用する
3つの検索項目（日付・金額・取引先）の入力さえクリアできればOK
2.ダウンロード可能な状態にしてファイル名で運用する
* 税務職員の求めに応じて一括ダウンロードできるようにしておく
* ファイル名に日付・金額・取引先を入れる
【ファイル名の例】2022年10月31日に(株)国税商事から受領した
110,000円の請求書のPDFデータ場合
→ 20221031_(株)国税商事_110000.pdf
＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝