> 注文が入ったら重さを量って返金処理というのは一般的なやり方でしょうか？

自己発送の場合は上記方法が一般的となります。

> そして送料が足りないことがあるので最初にいただく送料は
> 高めに設定していた方がいいのかなと思うのですが、
> お客様は差額が返金されることは予め分かっているものなのでしょうか。
> もし分かっていなければ高めに設定すると売れなくなってしまうのかな…という心配もあります。

そうですね。shさんの商品をよく購入されている方であれば可能性として
あらかじめ予測されてる方はいらっしゃるかと思いますが
大幅な送料UPをした場合は売り上げが下がる可能性がございますので
以下をご参考に商品説明やコンディション説明にその旨を記載をくださいませ。

商品説明（イメージ）
https://gyazo.com/5bc5ba6f3c8de4c1e85cfdbaf1d07659

コンディション説明（イメージ）
https://gyazo.com/4edc2cc521edc902d602f5097c1da080

Amazonショッピングサイトからお届け先を
よく購入される地域に設定していただきますと
他の同じ商品で海外発送している場合の送料などを比較したり
同じ商品の並行輸入品などは送料が含まれた値段で販売されていますので
こちらなどを参考に送料の変更をご検討くださいませ。

また、以下に海外発送の際の見積もりに関する基本的な目安がございましたので
こちらもご覧くださいませ。

海外への配送料
https://www.amazon.co.jp/gp/help/customer/display.html?nodeId=202003370