ECマスターズの森田です。

> 今までと全く違うジャンルの商品を取り扱う場合は、
> お店はわけて新しく出店した方がよいでしょうか？

他のショップさんの事例として、それぞれのショップに専門性をもたせたい場合（ワイン専門店、スニーカー専門店、など）や、ターゲット層が大きく異る もしくはターゲットを変えたい場合は複数出店されている会員様もいらっしゃいますし、

他にも、メリットとして、１店舗目と差別化をはかる事で専門店としてのブランディングもできますので、楽天の運用方法を知っていて１店舗目である程度の実績を残されている方は複数出店されている印象がございます。

ただ基本的に、お客様がショップへ訪れるきっかけ（入口）の多くは商品ページとなっており、実際に確認すると以下のように複数ジャンルを販売されている店舗さんは現状多数いらっしゃり、既存店舗内で売上の取れている商品ページにバナーなどを活用することで回遊率が上がるように工夫されていらっしゃいます。

https://www.rakuten.co.jp/alice-zk/
https://www.rakuten.co.jp/home-shop1/

また、デメリットとして、２店舗の出店に伴い出店料が増える点に加えて、出店したての場合は販売実績がついていないため検索順位への反応も出づらいという点も挙げられますのでどのように運営されていきたいかに応じてご検討くださいませ。