> 下記の参考ページのように単品で複数のカラー展開している商品ページにJANコードを設定する場合、
> 色ごとに発行されているJANコードは、適当な色のJANコードを入れて良いものでしょうか？

Amazonと違ってバリエーション登録のような仕組みは現状ございませんので、
以下案内の通り項目選択肢別在庫の利用もご検討ください。

[商品ページ設定 商品個別編集] 項目選択肢別在庫商品
https://navi-manual.faq.rakuten.net/item/000034364
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商品には複数の製品コードが存在している
（違うサイズや色の場合、製品コードも違う）

製品コードを入力せずに、「カタログIDなしの理由」に
「4.項目選択肢別在庫商品」を選択してください
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カラバリ毎に商品ページを作成する場合、色以外の販売条件が同じという場合は同一商品が複数存在することになり
ガイドラインに抵触いたしますので、販売条件を変更してお客様に誤解を与えないように工夫が必要となります。

【規約・ガイドライン担当より】よくある問い合わせのご案内（2021年1月）
https://ron.rms.rakuten.ne.jp/ron_articledetail?id=a050K00001HJ4qsQAD&articleId=kA70K000000LK3ISAW

また、該当するJANコードが複数個存在する場合は、商品説明文等に記載していただくことで
JANコードで検索した際にヒット致しますので、
説明文への記載をご検討いただきますようお願いいたします。