> ストアクーポンを発行する際に、1商品だけクーポン除外品がある場合
> その商品だけを指定する方法はないでしょうか？
> やはり、除外品以外の商品コードを全て入力するしかないのでしょうか・・・

お調べしたところ、ストアクーポンの設定機能に「除外設定」の機能がなく
１商品のみ除外をしたい場合となると、
除外商品以外の対象商品を全て入力いただく必要がございます。

幸い、カンマ区切りのデータを登録するルールと
なっておりましたので商品データcsvを出力いただき、
そのデータを以下サイトで
“改行をカンマに変換”に変換していただくと
登録ルール通りのデータで出力することができますので
その方法はいかがでしょうか。

TAB, カンマ, 改行 相互変換
http://tma.main.jp/copy/csv.php

1.商品データcsvをダウンロード
2.除外商品のセルを削除
3.codeを全て選択
4.”改行をカンマに変換”を選択後、「変換」をクリック
5.変換されたデータをストアクリエイターproに登録

上記手順で若干ではございますが、
お手を煩わせず登録できるかと思いますので
お試しくださいませ。