> 楽天の検索ワードを毎月分析しているのですが、スマホ検索ワードにアプリ分がカウントされていないことがわかりました。
> 楽天側ではアプリの検索ワードをデータで出す昨機能はないそうですが、となるとアプリユーザーが多い中、検索ワードがあてにならなくなってしまいます。。
> なんとかアプリの検索ワードを出すか、対策する方法・ツールはないのでしょうか。。？

残念ながらアプリのみなどのデバイス毎に
流入ワードを確認できる機能は現状ございません。
（楽天にも念の為確認しましたが同様の回答でございました）

そのため、既に確認いただいているかと存じますが、

[データ分析 R-Karte] [アクセス人数改善]　楽天サーチ流入改善
https://navi-manual.faq.rakuten.net/promotion/000039698

にてアプリ経由の流入キーワードも含まれた全体のデータを
確認いただく流れとなります。ご了承くださいませ。


また、流入キーワードではございませんが、以下機能ですと、
端末毎のデータをご確認いただけますので、あわせてご参照くださいませ。

[データ分析 R-Karte] （新旧共通）商品分析（一覧）
https://navi-manual.faq.rakuten.net/promotion/000011571