ECマスターズの鈴木です。

> JANコードがあった場合は、俗に言う相乗り出品をして、価格競争する。
> よく耳にする登録の流れとしては、「製品コード免除を申請」を行って登録することが、
> Amazonで売り上げ作る秘訣みたいに聞きます。

製品コード免除をご申請いただき、
商品を販売しても、相乗りされないということはなく、

Amazonは出品形式のモールで
どなたでも出品できる仕様上、

出品者では対策ができませんので、
相乗りを一切受け入れないようにする方法はございません。

> ECマスターズがおススメする商品登録手順などご教授頂けないでしょうか？
> また、新規でAmazonにJANコード登録申請する方法や、メリット、デメリットなどもお願いします。

そのため、メリット、デメリットというものはどちらで登録いただいた場合も
大きくは変わりませんが、申請の期間などもふまえると、JANコードがある商品の場合は、
通常通りJANコードを登録いただいて出品いただくことをおすすめします。

ECマスターズの鈴木です。

> 相乗りについては、承知しました。
> JANコードがある商品の場合は、申請期間が短くなるということでしょうか。

JANコードがある場合は、製品コード免除を申請いただく必要がないので、
申請期間自体が無くなります。

> 登録していくと、
> 「リストを送信する前に1のエラーを修正」と表示され、
> 商品コード(JANコード等)の入力を求められました。
> メーカーから頂いている、JANコードや商品コードを入れても
> ​「この値は無効です」と出て、赤枠が消えません。

こちら状況を確認させていただきますので、
画面のキャプチャをご質問右下にある「投稿内容について報告する」
よりご投稿いただくことはできますでしょうか？
https://ec-masters.gyazo.com/01ae1547003f9278739ea78216f9357e

>Amazonで見かける、JANコードがある商品を
> 「製品コード免除を申請」を行って登録した際、どのようなメリットがありますか？

先述した回答と重複する部分がございますが、
JANコードがある商品の登録と比較すると、申請期間が増えるためメリットはございません。