ECマスターズの鈴木です。

> FTP自動アップ君とCSV自動アップ君（R）の違いについてよくわかっておらず、
> 教えていただけますでしょうか？

CSV自動アップ君（R）は、CSVデータを設定した時間に、
楽天の一括登録のサーバにアップロードすることができるツールとなりますが、

FTP自動アップ君にて、上記のCSVファイルの更新も
できるようになっておりますので、基本的にはFTP自動アップ君を
ご利用いただければ問題ございません。

> FTP自動アップ君は、楽天の２店舗目でも使用可能なのでしょうか？

こちらは、2店舗目でもツールをご利用されたいという方向けに、
複数出店プランをご用意しておりますので、そちらにご登録いただけましたら、
ご利用いただけます。
1店舗目の半額で契約いただけますので、ぜひご検討ください。

複数出店プランお申込ページ
https://club.ec-masters.net/index.php?ecm-tools-multi

ECマスターズの鈴木です。

> FTP自動アップ君とCSV自動アップ君（R）の違いについてよくわかっておらず、
> 教えていただけますでしょうか？

CSV自動アップ君（R）は、CSVデータを設定した時間に、
楽天の一括登録のサーバにアップロードすることができるツールとなりますが、

FTP自動アップ君にて、上記のCSVファイルの更新も
できるようになっており、楽天だけでなく、Yahoo!ショッピングなど、
他サーバにもデータをアップロードすることができます。

> FTP自動アップ君は、楽天の２店舗目でも使用可能なのでしょうか？

はい。可能です。
こちらは、接続先を復数登録することができますので2店舗目でも
使用していただくことができます。

ECマスターズの鈴木です。

> FTP自動アップ君とCSV自動アップ君（R）の違いについてよくわかっておらず、
> 教えていただけますでしょうか？

CSV自動アップ君（R）は、CSVデータを設定した時間に、
楽天の一括登録のサーバにアップロードすることができるツールとなりますが、

CSV自動アップ君（R）の使い方【楽天市場】
https://manual.ec-masters.net/index.php?ecm-tools-manual-csvjidouup

FTP自動アップ君にて、上記のCSVファイルの更新も
できるようになっており、楽天だけでなく、Yahoo!ショッピングなど、
他サーバにもデータをアップロードすることができます。

FTP自動アップ君の使い方
https://manual.ec-masters.net/index.php?ecm-tools-manual-ftpjidouup

> FTP自動アップ君は、楽天の２店舗目でも使用可能なのでしょうか？

はい。可能です。
こちらは、接続先を復数登録することができますので2店舗目でも
使用していただくことができます。

ECマスターズの鈴木です。

> FTP自動アップ君は、CSV自動アップ君（R）の上位アプリと考えて良いのでしょうか？
> CSV自動アップ君（R）の特長がよく分からず、FTP自動アップ君を使用していけば、
> 同じことができるように思えるのですが。

左様でございます。
FTP自動アップ君をご使用いただければ、
同じことができるようになっておりますので、

基本的にはFTP自動アップ君をご利用いただければ幸いです。