ECマスターズの菅原です。

> （１）「プライム配送パターンおける標準サイズの商品は、
> 全国配送（沖縄、北海道、離島を除くすべての地域のすべての都道府県）に対応する必要があります。」
> の部分ですが、全国翌日配達可能な運送便というのはあるのでしょうか？
> 現実的には
> ・東日本に翌日着可能な出荷場
> ・西日本に翌日着可能な出荷場
> の少なくとも２箇所の出荷場から出荷する必要があると考えますが、
> そのような認識で合ってますでしょうか？

翌日または翌々日以内にお客様にお届けするということが要件となりますので、
2箇所の出荷場から出荷いただく必要はございませんので、ご安心くださいませ。

マケプレプライムの最近の変更点に関するよくある質問
https://sellercentral.amazon.com/gp/help/external/VB5YNDGLQG4GYGR?language=ja_JP

===
マケプレプライムに登録している出品者は、マケプレお急ぎ便（翌日）およびマケプレお急ぎ便（翌々日）の目標を達成する必要があります。
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> （２）「配送時間指標」の要件の意味が何度読んでも理解できません。
> どういうことでしょうか？

配送時間指標に関する要件としましては、
購入の有無を問わず、以下キャプチャのように商品詳細ページに表示されております、
https://ec-masters.gyazo.com/ea68ffa31cdaa34ae4a8282d3f66b97e

1日（翌日）もしくは2日（翌々日）以内のお届け予定日までの日数で定義され、
商品詳細ページの閲覧数ごとに計測された目標値を達成することが必須ということになります。

「配送時間指標」の詳細に関しましては、
以下URLをご確認くださいませ。

配送時間指標
https://sellercentral.amazon.co.jp/gp/help/GM2KN7HAZM4WHA6L

ECマスターズの菅原です。

> 九州を「マケプレお急ぎ便(翌々日)」にすることは設定上出来ないのですが、
> 2021年7月15日以降できるようになるという事でしょうか？
> それとも、今でも九州を翌々日着にする設定方法があるのでしょうか？

Amazonに確認しましたところ、
現状、九州地域は翌々日の設定が行えない地域でございまして、
2021年7月15日以降、設定できるようになるなどの情報もございませんでした。

そのため、上述させていただきました回答に一部誤りがございまして、
makotoさんがおっしゃっておりました通り、
各エリアに倉庫を持つか、FBAをご利用いただく形になりまして、
こちらのご対応が難しい場合ですと、翌日発送が難しい地域に関しましては
設定をお外しいただくようご対応くださいませ。