ECマスターズの鈴木です。

> SKUを入れると1万件以上の商品となりますので実績のない商品も
> この作業をするのは無駄かなと思います。
> なので販売実績がある商品のみ商品コードを入れていった方が
> 現実的かと思われますがどうでしょう

1万件のすべての商品にASINを反映いただく場合は、
出品レポートをダウンロードいただくと、
商品毎のASINをcsvファイルで出すことができます。

出品レポートのダウンロード方法に関しては
以下をご参照ください。

出品レポートのダウンロード
https://sellercentral.amazon.co.jp/gp/help/G561

その後、ダウンロードした出品レポートを、
VLOOKUP関数をご利用いただき、在庫ファイルの情報と
紐付けることができますので、お試しいただければ幸いです。

VLOOKUP関数の使い方
https://dekiru.net/article/21009/

> そして販売実績がまだないものに関しては
> こちらでコードを勝手に入れていいのでしょうか

こちらASINコードが無い商品に、出品者側でコードを入れることは
出来かねますので、一度空欄でアップをしていただいてから、
先述した内容でASINの登録を行なっていただく必要がございます。