ECマスターズの菅原です。

> 楽天市場の商品を、Shopifyに登録する場合、
> なにか良いツールやアプリなどがあれば教えていただけますでしょうか。

以下のアプリをダウンロードいただきますと、
楽天市場よりShopifyにデータの移行が可能でございます。
https://excelify.jp/

ダウンロード後の手順としましては、以下となります。

1) 楽天RMSからデータを取り込む
2) 取り込んだCSVを編集する
3) Shopifyに戻り、CSVを取り込む

詳細につきましては、以下URLに記載がございますので
ご確認くださいませ。

楽天からShopify（ショッピファイ）にデータ移行する方法
https://www.omisehack.com/shopify-rakuten-switching/