ECマスターズの鈴木です。

> お客様が楽天の登録メールアドレスを変更された場合、
> 注文の最中でも発送メールなどは新しいメールに連絡がいくのでしょうか？

ご注文が入った後に、お客様がメールアドレスを変更された場合、
サンクスメールや、商品発送のお知らせメールについては、
変更後のメールアドレスへ送信されますが、

注文情報は自動的に変更されませんので、

お客様へメールアドレスをお伺いし、
RMSの注文詳細画面よりさきさんにて変更いただく必要がございます。

[受注管理] 項目別に注文内容を変更する
https://navi-manual.faq.rakuten.net/order/000038943

また、コンビニ前払い等のお支払の案内メールにつきましては、
メールアドレスを変更したとしても、注文時のメールアドレスに届いてしまうため、
CCで届いているメールの文面などをコピーして頂き、サンクスメールなどへ張り付けて
お客様へ送っていただく必要がございます。

[楽天ペイ(楽天市場決済)] ユーザーがコンビニ決済のお支払い依頼メールが届かないと問合わせてきた場合どうすれば良いですか？
https://navi-manual.faq.rakuten.net/service/000038323