ECマスターズの鈴木です。

> 楽天で在庫を切らしてしまった商品については、倉庫へ一旦入れたほうがよいでしょうか。
> 売り切れのまま商品を並べておくとデメリットはありますか？

検索順位は販売実績をはじめとする様々な要素が
加点・減点方式で決定しており、在庫切れは減点要素
となりますので基本的に在庫を切らさない工夫を
お伝えしておりますが、

お客様からの主なショップへの入り口は
商品ページですので、入り口を確保するためにも
購入履歴などから導線が残る「サーチ非表示」
の設定をおすすめいたします。

STEP16　サーチ非表示・闇市指定・倉庫指定を設定する
https://navi-manual.faq.rakuten.net/item/000009605

> このショップにはこんな商品があるというのも含めて並べておいてもよいのか知りたいです。

サーチ非表示設定で問題ございませんが、
次の在庫が確保されるまで、その商品の代替案として
似たような商品や関連した商品をもし販売されている場合は、

その在庫切れ商品を軸として関連商品への案内を
積極的にページ内でする事で、
機会損失も防げる可能性もございますので
現状に合わせてご判断くださいませ。